Es ist kein Land in Europa, das nicht in irgendeinem Winkel eine oder mehrere Völkerruinen besitzt, Überbleibsel einer früheren Bewohnerschaft, zurückgedrängt und unterjocht von der Nation, welche später Trägerin der geschichtlichen Entwicklung wurde. Diese Reste einer von dem Gang der Geschichte, wie Hegel sagt, unbarmherzig zertretenen Nation, diese Völkerabfälle werden jedesmal und bleiben bis zu ihrer gänzlichen Vertilgung oder Entnationalisierung die fanatischen Träger der Kontrerevolution, wie ihre ganze Existenz überhaupt schon ein Protest gegen eine große geschichtliche Revolution ist.
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Der nächste Weltkrieg wird nicht nur reaktionäre Klassen und Dynastien, er wird auch ganze reaktionäre Völker vom Erdboden verschwinden machen. Und das ist auch ein Fortschritt.
Friedrich Engels in the newspaper "Neue Rheinische Zeitung", published by Karl Marx on January 13th 1849.
There is no country in Europe which does not have in some corner or other one or several ruined fragments of peoples, the remnant of a former population that was suppressed and held in bondage by the nation which later became the main vehicle of historical development. These relics of a nation mercilessly trampled under foot in the course of history, as Hegel says, these residual fragments of peoples always become fanatical standard-bearers of counter-revolution and remain so until their complete extirpation or loss of their national character, just as their whole existence in general is itself a protest against a great historical revolution.
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The next world war will result in the disappearance from the face of the earth not only of reactionary classes and dynasties, but also of entire reactionary peoples. And that, too, is a step forward.
Translation by marxists.org
Marx began it, he was the ancestor of modern political genocide, and I don't know that any European thinker of the modern period before Marx and Engels ever publicly advocated racial extermination. I can't find anything earlier, so I presume it starts with them.
Historian George Watson in "The Soviet Story" (watch it here). Hat tip: Vincent De Roeck